动车组司机运行中未按规定执行车机联控，按照机务系统的“12分”扣分制考核标准，通常一次扣除3分。

《机务行车安全管理规则》（TG/JW103-2014）规定，机务段应加强机车乘务员（含动车组司机）现场作业安全控制，实行违章违纪年度“12分”扣分制。该制度下，每名机车乘务员在一个自然年度内拥有12分基础分，发生违章违纪行为即按规定扣分，年度累计扣满12分的，停止其担当乘务工作，需离岗培训不少于7天并经考试合格后方可重新上岗。

车机联控是列车运行中司机与车站（行车调度）之间确认行车凭证、进路、命令等关键信息的重要作业制度，属于标准化作业的基本要求。动车组司机运行中未按规定执行车机联控，属于一般性违章行为，按照通行考核标准一次扣除3分。这一分值设定与“未执行呼唤应答制度”等同类违章行为一致，体现了对基本作业纪律的统一约束。

需要说明的是，“12分”扣分制的具体分值由各机务段依据《机务行车安全管理规则》并结合本单位实际细化制定，不同单位、不同时期的具体实施办法可能存在差异。个别机务段对车机联控执行情况的考核还可能区分“联控用语不标准”“联控不及时”“未进行车机联控”等不同情形，分值可能为2分、5分不等，情节严重的还可能纳入红线管理或升级处理。因此，现场作业中应以本单位现行有效的安全考核细则为准。

对于动车组司机而言，运行中应严格执行呼唤应答和车机联控制度，按规定的地点、时机、用语与车站及调度进行联控，杜绝简化作业和习惯性违章。正确执行车机联控不仅是避免扣分的需要，更是保障行车安全、防止错办进路和臆测行车等事故的重要防线。

综合来看，本题在“12分”扣分制的标准口径下，答案为一次扣除3分；具体执行时应对照所在机务段现行考核办法确认。

参考资料：

1. 《JW103-2014）》
2. 《铁道职培知识库：铁路机务“12分”扣分制相关说明》
3. 《驾驶员管理办法相关题库（未执行车机联控、呼唤应答一次性扣3分）》

知识来源：铁道职培APP已审核知识库（EXT-F47642FEC3E3）。
说明：本文仅供学习参考；涉及规章、技术参数和现场作业要求时，以现行有效文件为准。