动车组司机在运行中遇到ATP（列车自动防护系统）紧急制动或LKJ（列车运行监控装置）常用制动时，应保持冷静，严格按照操作规程和行车安全规定进行处理，确保列车安全。

当ATP触发紧急制动时，列车会立即施加最大制动力并停车。司机应立即确认制动原因，观察ATP显示屏上的故障提示或警告信息。若为ATP设备故障导致的误动作，且列车已停车，司机应报告列车调度员，并根据调度指示判断是否可将ATP隔离或转为后备模式（如CTCS-2级）继续运行。在未得到明确指令前，严禁擅自复位或关闭ATP。若因前方信号或线路条件触发紧急制动，司机应确认列车已停稳，并加强与调度和车站的联系，待条件允许后按调度命令重新启动。

当LKJ触发常用制动时，列车会施加部分制动力以减速，但不会立即停车。司机应首先观察LKJ显示屏上的限速曲线和制动原因，常见原因包括超速、信号关闭或临时限速。若为超速所致，司机应立即采取制动措施，将速度降至限制速度以下，LKJ会在满足条件后自动缓解制动。若因信号关闭，司机应停车，并与前方车站或调度确认信号状态，严禁臆测行车。若LKJ发生故障导致误制动，司机应报告调度，并按调度指示处理，必要时可隔离LKJ的制动功能，但必须严格遵循相关安全规定，并在后续运行中加强瞭望。

在处理过程中，司机必须保持与列车调度员的通信，及时汇报情况，并严格按照调度命令执行。同时，应认真记录制动发生的时间、地点、现象及处置过程，回段后按规定填写报表。无论ATP还是LKJ动作，司机都不得擅自进行复位或旁路操作，除非在紧急情况下且得到明确授权。

此外，动车组司机应熟练掌握ATP和LKJ的操作手册和应急处理流程，定期参加培训和演练。在运行中，要时刻关注列车运行监控信息，预防制动功能的意外触发。若制动后需要缓解，必须确认行车条件已恢复，并按照规定的速度恢复运行，确保行车安全。

以上处理原则基于现行铁路规章和技术规范，具体操作还应结合车型和线路特点执行。

参考资料：

1. 《中国国家铁路集团有限公司. 铁路技术管理规程（高速铁路部分）[S]. 北京: 中国铁道出版社, 2014.》
2. 《中国国家铁路集团有限公司. CTCS-3级列控系统总体技术方案[S]. 北京: 中国铁道出版社, 2013.》
3. 《中国国家铁路集团有限公司. 动车组司机作业标准[S]. 北京: 中国铁道出版社, 2017.》

知识来源：铁道职培APP已审核知识库（KB-JW-C7D47FAE）。
说明：本文仅供学习参考；涉及规章、技术参数和现场作业要求时，以现行有效文件为准。

相关阅读：

1. ATP车载设备认知训练：从部件名称到功能链条